强烈的震动引发了大地震，使大地上的光之水晶深埋地下。神秘的大陆上，无数鬼怪四处横行。在这个危机四伏的世界中，四位勇者被光之水晶选中，踏上了恢复世界的征程。
被神秘力量拖入山洞的鲁那斯逐渐苏醒过来。出口已不见踪影，无奈之下只能继续前行。刚走出不远，便遭遇怪物的袭击。作为初次战斗的他们，凭借高超的技巧轻松将其消灭，通过了单调的迷宫，来到了风之水晶的所在地。如何应对路上的宝箱是一大挑战，但拯救世界的主角怎能放过任何一次寻宝的机会呢？
接近水晶时，一场紧张的BOSS战即将开始。对于初出茅庐的他们来说，使用普通攻击是最佳选择。战胜后，虽然过程艰辛，但他们感受到了水晶赋予的使命和责任。走出祭坛洞穴后，回到故乡乌鲁村，与亲友告别后，决定冒险寻找拯救世界的方法。
在村庄上方探索时，发现了一个暗道。除了已知的开关外，还有许多这样的秘密通道。离开加斯村后，他们向西方的沙漠前进，发现了飞空艇。加入修理工的女儿鲁法后，他们朝着萨森城出发。在这里，他们遇到了同样困扰的国王，并得知公主被妖怪囚禁的消息。卫兵依所克斯也加入了他们的队伍。
为了救出公主，他们来到封印之洞。这里的杂兵实力有所增强，但与见到公主的诱惑相比，根本不值一提。进入洞穴中段后，他们找到了萨拉公主，并成功使她加入队伍。萨拉的实力卓越，为队伍注入了新的力量。继续前进，他们遭遇了BOSS。四人的职业已经得到初步发展，使用魔法辅助攻击会使战斗更加轻松。
回到萨森城后，他们发现道路被岩石堵住。无奈之下，他们回到了加斯村寻找帮助，将飞空艇改造成了破石型，成功撞开了巨石。在施德的指引下，他们来到了康南村，这里有一位生病的村民需要照顾。为了了解情况，他们向村民打听消息，得知附近山脉有条巨大的龙时常骚扰村落。为了检验实力，他们决定挑战这条龙。
洞穴深处的一件神器竟被小偷盗走。四位勇士应邀协助寻回神器。深入洞穴，发现一个奇异水池，变身为青蛙后潜入调查，终于找到了藏匿于此的盗贼。
来到火之洞穴，这里炽热难当，冰属性魔法在这里也威力不凡。深入洞穴最深处，终于发现了这个可恶的盗贼，竟发现他背后有火之水晶！盗贼召唤出火龙与我们对抗，但我们的实力已有长进，一番激战后终于将其击败。
此BOSS等级不高，但连续攻击力强，因此建议大家练练等级并确保治疗者的回复能力。使用冰属性魔法对BOSS有奇效，中级烈冰术一击便能造成可观的伤害。
战胜后，我们得到火之水晶的祝福，队伍的战斗力再次提升。返回多瓦夫洞穴归还神器，得到村民的感激与厚礼。不料一村民突然求救，告知其国家遭遇叛变占领。作为光之勇者，我们决定前往救国。
不料刚一进入艾加斯城便被等候的士兵抓住，交谈后得知是远处的盗贼集团作乱。发现牢房的缺口，我们利用缩小术逃离牢房，成功绕过层层守卫，找到了盗贼集团首领。
此BOSS精通各种魔法并会变换属性，建议使用骑士、龙骑士、学者和黑魔的组合进行应对。一番激战后终于将其击败。
然而大陆的巨变使得水之水晶失去作用，整个大陆陷入海中。为了恢复水之水晶的力量，我们必须乘飞空艇离开此地。我们来到施德的家中，得到了天空齿轮这一重要道具。
乘着新的飞空艇飞翔于大陆之上时，我们意外发现了一艘破旧船只。好奇驱使我们进入船内，竟发现一位气息微弱的美丽女子——水之巫女艾莉亚。她告诉我们她是水之神殿的守护者。
在水之神殿中我们找到了水之水晶但遭到了攻击，原来是那个袭击艾莉亚的家伙。我们奋起反击并最终轻松取胜得到了高阶魔法职业。随着水晶的力量恢复大地也逐渐浮现出水面……
当我们从昏迷中醒来时发现自己在一处旅馆内。得知飞空艇被锁链锁住无法动弹时我们决定找出那个胆敢阻挡我们道路的家伙——歌特耳。通过下水道我们轻松来到歌特耳家并打败了其家中的贵公子。
继续前行我们来到了萨洛尼亚城发现两国的战争因一个古怪大臣而起。在王城我们帮助王子阿鲁斯平息了并得到了国王的感谢与帮助——王城学者帮助我们改造了飞空艇为急速形态。
为了继续冒险我们来到了大魔导师诺亚的弟子杜加的住处并得知了乌奈的存在和她的位置。在时间神殿我们找到了传说中的竖琴并借助其力量唤醒了乌奈并得到了最后的飞空艇改造技术。
在寻找四大召唤兽的过程中我们历经磨难终于集齐所有终极武器获得了贤者和忍者的力量！进入水晶塔外围后我们休息片刻补充装备然后继续前行终于开启了水晶塔内部的大门……
在历经无数考验后，我们终于迎来了与黑暗之云的最强决战。在战胜恶魔撒旦之后，最后的敌人终于显露真身。它的力量强大到让我们无法反抗，在这关键时刻，曾经的养母、尊敬的村长以及昔日的伙伴杜加和乌奈，还有公主与水之巫女纷纷现身。他们赐予了我们光明之力，让我们深刻领悟到光之战士的使命与责任。
面对黑暗之云，我们虽然心中忐忑，但在众人的期望和世界的命运面前，它似乎也只是个微不足道的敌人。最终之战的挑战难度极高，黑暗之云的三次行动几乎让我们全员陷入危机。同伴的生命值一旦降到50%，就必须立即使用魔法进行恢复。而BOSS的生命值之高，让我们不得不全力以赴。
提及《最终幻想3》，这款游戏作为SQUARESOFT（现SquareEnix）的著名RPG游戏“最终幻想”系列的第三部作品，在FC上达到了游戏的巅峰水准。游戏容量扩大至前作的两倍，达到4MBit+64K，其音乐和画面表现受到了业内人士的高度评价。
在准备充分之后，我们踏上了新的征程。停泊在无敌号之后，我们下船前行。地上的雕像必须亲自走过才能破除，之后再次乘坐无敌号继续旅程。来到古代人洞穴门口，我们进行了最后的整顿，因为这里是我们获取最终装备的重要场所，并且在这里可以激活最后一颗水晶——土之水晶。
随后，我们一路向前，终于来到了水晶塔中。首先进入中间的门，被传送到禁断之地。这里拥有所有的终极武器，最后一层是商店，可以购买所有LV8的黑白魔法和终极召唤兽，还有忍者用的手里剑。在这里，我们不惜一切代价，全力以赴地准备最后的决战。
当我们召唤出终极召唤兽——巴哈姆特时，我们已经将一切准备就绪。购买完所有必需品后，我们返回水晶塔的一层，通过左侧的门，使用特定的钥匙打开这扇门。一路上来到镜子前，却中了魔王的魔法，所有人无法动弹。
杜加和乌奈出现，他们将拥有光明之心的公主、德修、西德等人传送到镜子前。五人合力破除了镜子的束缚后，我们被传送到了黑暗世界的入口处。出乎意料的是，魔王在此刻现身。我们竭尽全力将其击败后，却出现了更加强大的BOSS。面对这个无法击败的敌人，我们只能选择全员灭亡才能继续战斗。
随后，我们被传送到了黑暗世界的核心区域。在这里，我们需要解决四个方位的BOSS护法才能进入最终BOSS战。终于，我们迎来了最后的大决战。面对的BOSS强大无比，但我们已做好充分的准备，为了世界的未来而奋战到底。
在经历了种种考验之后，我们再次回到水晶塔的最高层。在一面镜子前，我们陷入了魔王的陷阱。就在危急时刻，杜加等人挺身而出，将拥有光之心的人们传送到这里。五人合力破解了束缚后，我们被传送到暗之世界的入口。在这里与魔王的决战即将开始，究竟谁能笑到只有战斗才能揭晓。